グルコサミンは結合している分子の種類によって、グルコサミン硫酸塩やグルコサミン塩酸塩などといった様々な種類があります。 グルコサミンは経口で摂取されたあと、腸によって吸収され、グルコサミンに結合している塩が外れて、グルコサミンとなります。つまり、初めの種類は異なっても、最終的に吸収された後は同じグルコサミンとして作用していきます。
ただ、塩によってグルコサミンの含有量が異なり、グルコサミン硫酸塩はグルコサミン塩酸塩はに比べて分子量が大きく、同じ分量のグルコサミンを摂取するならグルグルコサミン硫酸塩よりもコサミン塩酸塩のほうが効率的に吸収する事ができるという違いは生じます。
グルコサミンのなかでもグルコサミン硫酸塩は、医学雑誌などで効果や成果が報告されている事が多いですが、国内で販売されている製品の多くはグルコサミン塩酸塩です。グルコサミン塩酸塩の方が、グルコサミン硫酸塩に比べて高純度の場合が多く、分子も小さいので、吸収性に優れていると言われています。この為、日本ではグルコサミン塩酸塩の商品がよく扱われています。
ただ、臨床研究等の文献が数多く発表されているのは、グルコサミン硫酸塩です。その為ｍ、海外メーカーではグルコサミン塩酸塩よりもグルコサミン硫酸塩が使われる事が多く、ヨーロッパをはじめアメリカでも硫酸塩の方が多く利用されています。医学的には、塩酸塩と硫酸塩の効果はほぼ同等であるが、明確には断言できないとされています。